Межрелигиозный совет (МС) СНГ был учрежден на заседании II Межрелигиозного миротворческого форума в 2004 году в Москве при поддержке президентов России, Азербайджана, Грузии и Армении. Сопредседателями МС СНГ являются Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл и глава Управления мусульман Кавказа шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде. В Президиум совета входят все главы традиционных религий России, Казахстана, Белоруссии, Украины, Таджикистана, Узбекистана, Киргизии, Армении, Азербайджана. Также в структуре МС СНГ имеются Попечительский комитет, Исполнительный комитет и Секретариат.

В работе II Межрелигиозного миротворческого форума приняли участие 23 духовных лидера, представляющих все страны Содружества и ведущие религиозные традиции. В документе, принятом по итогам встречи, в частности, говорится:

«Мир встал перед реальной угрозой глобального противостояния, которое провоцируется экономическими, политическими и социальными мотивами, обостряющими религиозные и культурные различия. В этой ситуации важным фактором, сдерживающим столкновение цивилизаций, становится общая миротворческая позиция лидеров ведущих религиозных традиций, которая выработалась благодаря развивающемуся диалогу религий.

В нашем регионе мира не было религиозных войн, но, наоборот, сложился уникальный опыт гармонического сосуществовования религий и культур… Свидетельствуем, что истинно верующие люди никогда не вступят на путь террора. Мы убеждены, что те, кто сознательно стали террористами, отреклись от своей веры… Религии обладают значительным миротворческим потенциалом, особенно в области межэтнических отношений… Там, где проливается кровь или существует прямая угроза применения силы, должно быть особенно энергичным наше взаимодействие и сотрудничество, направленное на скорейшее мирное и справедливое разрешение существующих проблем.

Ожесточение человеческих сердец, растущее из года в год, стало следствием нравственного кризиса, забвения людьми установленных Богом моральных норм. Соблазны и пороки нового века, усиленно пропагандируемые в качестве некоей нормы человеческой жизни, разрушительно влияют на души людей, превращая их в бездумных потребителей товаров и услуг…. Верим, что наши совместные труды помогут преодолеть межнациональную вражду, отвести от наших сограждан угрозы терроризма, экстремизма, потери свободы и независимости.

Мы обращаемся к христианам, мусульманам, иудеям, буддистам, ко всем людям с призывом хранить между собой мир и согласие, совместно трудиться на благо наших стран».

3-5 июля 2006 года, в Москве проходит Всемирный саммит религиозных лидеров, в котором приняли участие более 300 религиозных деятелей из 49 стран. Президент России В.В. Путин открывает пленарное заседание совместно с Сопредседателями МС СНГ. Приняты совместные решения о противодействии экстремизму и терроризму, о недопущении использования религии для оправдания насилия.

26-27 апреля 2010 в Баку проходит Всемирный саммит религиозных лидеров, в котором участвуют ведущие представители мировых религий и европейских социально-политических структур. В пленарном заседании вместе с сопредседателями МС СНГ выступает президент Республики Азербайджан И. Г. Алиев. На встречах религиозных лидеров Закавказья при посредничестве Патриарха Московского и всея Руси сделаны реальные шаги по урегулированию нагорно-карабахского конфликта.

По итогам трехсторонней встречи Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, Верховного Патриарха и Католикоса всех армян Гарегина II и шейх-уль-ислама Аллахшукюра Паша-заде, была принята совместная «бакинская» декларация:

«Рассматривая эту встречу как развитие миротворческого диалога, начавшегося между Армянской Апостольской Церковью и Управлением Мусульман Кавказа при посредничестве Русской Православной Церкви в 1988 году, будучи верны духу предыдущих заявлений, мы надеемся и далее помогать продвижению принципов мирного сосуществования наших народов и выработке взаимоприемлемых решений исключительно путем переговоров. Отрадно свидетельствовать, что традиция встреч подобного формата в немалой степени способствовала прекращению вооруженной стадии армяно-азербайджанского конфликта, порожденного проблемой Карабаха. Эти встречи, несомненно, помогли избежать перехода конфликта в межрелигиозное противостояние.

Сегодня особенно важным считаем следование духовным ориентирам сотрудничества, чтобы преодолеть отчуждения между нашими народами. Потенциал религии, призывающей к добру, миру, состраданию, терпению, должен стать примиряющей силой. Верим, что наши совместные усилия помогут преодолеть межнациональную вражду. Жизненно важно не допустить возврата к военным путям решения спорных вопросов. Своими миротворческими усилиями мы будем поддерживать надежду людей не устранение нынешних разделений, преград и вражды, ибо война, если ее продолжать, не будет иметь конца… Мы осуждаем акты вандализма и считаем важным сохранение религиозных памятников и святынь наших народов».

28 ноября 2011 года в Ереване состоялось заседание Президиума Межрелигиозного совета СНГ. На пленарном заседании выступил президент Армении С.А. Саркисян. Конкретные результаты по сохранению человеческих жизней в Нагорном Карабахе достигнуты благодаря переговорам духовных лидеров России, Армении и Азербайджана. В совместном заявлении по итогам трехсторонней встречи отмечается:

«Мы твердо высказываемся за разрешение существующих проблем исключительно мирными и законными средствами. Призываем политиков придать новый импульс диалогу, направленному на урегулирование разногласий, препятствующих прочному миру на Кавказе. Духовные лидеры готовы принять в таком диалоге самое серьезное участие.

Считаем важным продолжение посреднических усилий по мирному урегулированию нагорно-карабахского конфликта на базе международного права в рамках Минской группы Организации по безопасности и сотрудничеству в Европе. Подчеркиваем, что процесс мирного урегулирования конфликта требует постоянных усилий по укреплению режима прекращения огня и мер доверия. Приветствуя достижение договоренностей об обмене военнопленными и о возвращении тел погибших, решительно призываем конфликтующие стороны доказать свою приверженность миру, стабильности в регионе и общепризнанным нормам международного права, договориться об отводе снайперов с передовых позиций, на деле подтвердить готовность строго выполнять обязательства, взятые перед международным сообществом».

Межрелигиозный совет СНГ зарекомендовал себя как значимая и уникальная площадка для диалога между государствами, народами и религиозными традициями. МС СНГ продемонстрировал, что способен решать даже те задачи, которые признаны на официальном межгосударственном уровне тупиковыми. Например, проводившиеся в продолжение нагорно-карабахского конфликта встречи религиозных лидеров Азербайджана и Армении при посредничестве Патриарха Московского и всея Руси приводили к сдвигам во взаимоотношениях враждующих сторон. В ходе встреч на полях МС СНГ решились вопросы об обмене военнопленными, передаче тел погибших, отводе снайперов с огневых рубежей. Деятельность МС СНГ свидетельствует, что религии могут выступать как серьезный объединительный общественный инструмент и вносить существенный вклад в миротворческие процессы.